L’islamisation des Comores
Puis, au XIIe siècle, les Arabo-Shiraziens — le terme Shiraz désigne le golfe Persique —, des groupes islamisés métissés (Arabes et Iraniens), accompagnés de leurs esclaves, arrivèrent aux Comores et introduisirent la religion musulmane. L’islamisation s’imposa dans toutes les Comores; la première mosquée de pierre fut construite à Mayotte en 1566 dans la ville de Chingoni. Par la suite, les alliances politiques et matrimoniales des Arabo-Shiraziens avec les chefs comoriens entraînèrent un changement de l'organisation politique et la création de sultanats.
Les Malgaches et l’esclavage
C’est également au cours du XVIe siècle qu’un grand nombre de Malgaches sakalava s’établirent dans le sud de Mayotte ainsi que dans les autres îles de l’archipel. Dès cette période, coexistèrent dans les îles comoriennes un peuplement arabo-shirazi et un peuplement sakalava, le tout sur fond d’origine africaine. C’est ce qui explique pourquoi les habitants de nombreux villages comoriens parlent encore aujourd'hui une langue malgache. Ces langues appartiennent à la grande famille austronésienne. À partir du milieu du XVIIIe siècle, les quatre îles des Comores furent victimes de razzias organisées par des pirates malgaches. Ces incursions affaiblirent les îles et poussèrent les sultans locaux à rechercher la protection des grandes puissances de l’époque: la Grande-Bretagne, la France et l’Allemagne.
Entre le XVIe et le XIXe siècle, comme ce fut le cas un peu partout dans l’océan Indien et aux Antilles, l'archipel des Comores fut le théâtre du commerce des esclaves. Déjà, au XIIe siècle, les Arabo-Shiraziens pratiquaient l’esclavage et c’est d’ailleurs avec leurs esclaves qu’ils arrivèrent aux Comores. Plus tard, les Européens allèrent chercher leur main-d’oeuvre sur la côte est du continent africain, notamment chez les Africains d’origine bantoue et les Malgaches.
En ce qui a trait à la France qui administrait alors l’île Mayotte et non pas encore tout l’archipel, dans le décret d'abolition de l'esclavage du 27 avril 1848, l’article 3 mentionnait «l’île Mayotte et dépendances» au nombre des colonies concernées:
En réalité, l’esclavage à l’île Mayotte était déjà aboli depuis une ordonnance du roi Louis-Philippe en date du 9 décembre 1846, laquelle était une suite du traité de cession de l’île du 25 avril 1841. Dans ce traité, il était prévu une disposition «considérant que l'extinction de l'esclavage à Mayotte est une des premières conséquences de l'occupation de cette île». Cependant, l’abolition de l’esclavage a eu pour effet de favoriser l’émigration massive des propriétaires mahorais et de leur main-d’œuvre. Ce n’est que vers le milieu du XIXe siècle que l’archipel se repeupla avec le retour de certains émigrés auxquels s’ajoutèrent des habitants des autres îles. L’archipel devint également, pour des colons blancs, «le Far-West des Réunionnais déclassés» qui s'y installèrent et introduisirent le système des plantations coloniales en faisant appel à des travailleurs «engagés». En fait, les besoins de main-d’oeuvre prirent simplement la forme d'un trafic d'engagés indiens et chinois sur les plantations. Certains historiens affirment même que les Réunionnais blancs immigrés, surtout à Mayotte, poursuivirent l’esclavage sous la forme de l’engagement. Il n’est donc pas surprenant que les Réunionnais aient pris une part active à la lutte pour que Mayotte reste française en 1974-1975.