Peuplées depuis la seconde moitié du premier millénaire, les différentes îles des Comores ont suivi une histoire très voisine sans être pour autant commune (voir Histoire des Comores). C'est la France, puissance coloniale, qui unit administrativement les îles. L'histoire des îles se sépare à nouveaux après 1976, et après la formation de la République fédérale islamique des Comores et le maintien de Mayotte sous administration française. L'histoire du pays est marquée par une trentaine de coups d'états. La république, après une crise économique, puis une crise indépendantiste, se réforme et devient l'Union des Comores.

CHOMONI-MBASHILE : Un site historique et archéologique méconnu

Le site de Chomoni est situé à proximité du village de Mbashile à 10 km au sud de Moroni. Il est reconnu par les chercheurs du CNDRS comme étant l'une des premières villes comoriennes datant de la deuxième moitié du VIIIéme siècle. Cette cité a été abandonnée vers le XVIIIéme siècle pour des raisons encore mal connues. Les nombreux travaux archéologiques menés dans cette localité ont permis de faire avancer nos connaissances sur l'histoire de la civilisation comorienee du début du peuplement à l'époque dite "arabo-chirazienne" , c'est-à-dire au XIVéme siècle.

Venu d'Afrique orientale

Selon les premiers résultats des travaux réalisés ou en cours, l'on sait qu'une petite communauté d'une centaine de personnes y était bien établie. Ces premiers comoriens qui venait probablement d'Afrique orientale, cultivaient le riz et le millet, ils étaient essentiellement des pêcheurs et des éleveurs. Ils consommaient également des tortues de mer. Ils avaient un savoir faire remarquable notamment dans la fabrication de la poterie à usage domestique et exploitaient le fer. Les fouilles archéologiques ont permis aussi de confirmer les relations commerciales très soutenues qu'entretenaient les habitants de Chomoni dés le IXéme siècle, avec des navigateurs arabo-musulmans. Ces derniers sillonnaient l'Océan Indien vers la Chine et le littoral de la côte orientale de l'Afrique. Leurs échanges avec les comoriens consistaient pour eux à se procurer les produits naturels et traditionnels d'Afrique, tels que les peaux d'animaux, les écailles de tortus, le bois d'œuvre, les minerais de fer, l'or, les esclaves, etc., et pour les comoriens d'acquérir les produits de luxe, comme les porcelaines islamiques émaillées, de la verrerie, des tissus, des perles de collier, etc. .

Plusieurs données tendent à prouver scientifiquement que ces premiers habitants n'avait pas encore embrassé totalement la religion musulmane, mais que les villes de cette époque étaient de petites communautés regroupées en territoire économique. Les traditionalistes du CNDRS ont aussi recueilli une base de données sur la tradition orale sur ce site. Cette base de données renferme une masse d'informations indispensables à la poursuite des travaux anthropologiques et historique. Actuellement on peut facilement voir les ruines d'une petite mosquée du XIVéme siècle et quelque trace de la vie matérielle datant de la première période du peuplement des Comores.

Malheureusement le site est gravement menacé de disparition à cause de l'extraction massive du sable marin et de la pouzzolane. Chaque année la mer ronge les côtes de ce beau site et défait les vestiges matériel de la civilisation des anciens comoriens. En ce moment la direction du CNDRS qui a déjà classé le site sur l'inventaire des sites historiques prioritaires à protéger, envisage des mesures adaptées en vue de mieux protéger ce patrimoine culturel.

Le 13 mai 1978, Denard renverse le président Ali Soilih et Ahmed Abdallah accède au pouvoir le 21 mai. Ali Soilih est exécuté dans son bureau. Abdallah est accueilli de façon triomphale et proclame à des journalistes occidentaux médusés : « Il faut que je me refasse ». Il est élu le 23 octobre 1978 président de la République fédérale islamique des Comores. Il est le seul candidat. Denard crée pour lui la "garde présidentielle", force de police et militaire de près de 600 hommes dont 17 officiers français. En 1981, avec l'élection de François Mitterrand, Denard perd le soutien de la France et crée la SOGECOM. En 1982, Abdallah dissout tous les partis politiques et créé le parti unique Union Comorienne pour le Progrès (Parti bleu). Peu à peu, le régime devient dictatorial, encadré par les mercenaires de Denard qui contrôlent le pays et évitent plusieurs tentatives de coup d'État. Le Front démocratique de Moustoifa Cheikh tente pourtant d'exister. Le parti sera démantelé, accusé d'activités subversives. Ses militants sont jetés en prison et torturés. Réélu le 30 septembre 1984 le parti bleu remporte la totalité des sièges à l'Assemblée fédérales le 22 mai 1987. Il ouvre son pays aux investisseurs étrangers, surtout sud-africains, dans les domaines du tourisme et de la pêche, mais aussi d'arme, contournant les embargos. En échange Moroni devient une base arrière pour des opérations contre le Mozambique notamment. Entretenant des rapports ambigus avec les mercenaires, à la fois fidèles serviteurs et maîtres, la corruption se développe de façon considérable.

En 1989, pressentant un nouveau coup d'État, Abdallah demande à Denard de désarmer. Abdallah est tué, dans son bureau par un militaire de la garde. Denard est blessé. Denard, impopulaire et soupçonné de meurtre dans le pays, est évacué quelques jours plus tard par les troupes parachutistes françaises. Said Mohamed Djohar, le demi-frère de Soilih devient président et le reste jusqu'au 28 septembre 1995, lorsque Denard le renverse. Une nouvelle garde est créée.

Le 3 octobre, a lieu l'Opération Oside. Les autorités françaises déploient 600 hommes contre une force de 33 mercenaires et 300 dissidents. Denard demande à ses soldats de ne pas tirer, le lendemain, ils se rendent. Denard est fait prisonnier et est placé en résidence surveillée en France.

Le 27 novembre 1989, Djohar, alors président de la Cour Suprême, devient Président par intérim et est ensuite élu le 11 mars 1990 Président, dans des élections contestées face à Mohamed Taki Abdulkarim. Il chasse les mercenaires mais est finalement renversé par Denard avec l'appui de la France et exilé de force à la Réunion, présenté comme fou. L'intérim est exercé par Ibrahim Ahmed Alidi, puis il revient au pouvoir. Les années qui suivent sont marquées par les scandales financiers, et la chute de l'économie du pays. La dette croît, les salaires ne sont pas payés, ...

Dans la nuit du 27 au 28 septembre 1995 se déroule opération Azalée, Denard renverse Said Mohamed Djohar avec une trentaine d'hommes débarqués de Zodiacs. Une fois la mission terminée, ce dernier est ensuite rapatrié vers la métropole par le Service de documentation extérieure et de contre-espionnage, service secret français.

Après un court intérim, les premières élections libres sont organisées et Mohamed Taki Abdulkarim, candidat qui semble avoir le soutien de la France, est élu en mars 1996. Sa présidence est marquée par la proclamation d'indépendance faite d'abord par Mohéli, puis par Anjouan. Mohéli, dont certains habitants avaient déjà publiquement réclamé son rattachement à la France avant de proclamer son indépendance, le réclament à nouveau par un grand mouvement de foule. Cette démarche est suivie par Anjouan le 3 août 1997, l'île la plus densément peuplée de l’archipel. Les îles se trouvaient désavantagées dans la République, face à la Grande Comore, siège du pouvoir.

Taki décède en cours de mandat en novembre 1998. L'intérim est exercé par l'Anjouanais Tadjidine Ben Said Massounde. Alors que les Grand Comoriens et la communauté internationale souhaitent un rapprochement, les séparatistes refusent de négocier. Une intervention militaire échoue. Les élections ne peuvent avoir lieu, la situation semble bloquée, d'autant que le pouvoir à Anjouan n'est pas stable. Le colonel Azali Assoumani exécute un coup d'État en avril 1999 sans violence et prend le pouvoir. Très critiqué par la communauté internationale notamment sous l'auspice de l'Union Africaine et de Thabo Mbeki le président sud-africain renoue le dialogue avec l'indépendantiste Mohamed Bacar. Le colonel Azali tente d’abord de faire appliquer un accord conclu à Tananarive le 23 avril 1999, mais les responsables d'Anjouan le refusent. Les Anjouanais le rejettent également massivement dans une consultation organisée le 23 janvier 2000, préférant montrer leur volonté d'avoir un État indépendant. L’UA, opposée par principe à toutes modifications de frontière, fait décréter à titre de sanction, un embargo sur les carburants, les denrées alimentaires, les communications maritimes et aériennes ainsi que sur les télécommunications, à partir du 21 mars 2000 et pour une durée indéterminée. Le blocus rend la vie très difficile aux anjouanais qui s'expatrient alors en grand nombre vers Mayotte^[2]. Le 24 août 2000, le Colonel Azali et le lieutenant-colonel Saïd Abeid Abdéramane, responsable anjouanais posent les principes d'un nouvel accord, c'est la « Déclaration de Fomboni ». Cet accord ne satisfait pas l'U.A. qui s'oppose^[2] à la disparition de l'ancien Etat et maintient les sanctions contre Anjouan.

Finalement des négociations difficiles permettent de parvenir à un accord-cadre de réconciliation nationale, dit « Accord de Fomboni » (17 février 2001). L'UA s'incline. Un comité de suivi est mis en place, dans lequel siègent les partenaires des Comores; U.A., L'OIF.... Les sanctions sur Anjouan sont levées.

Chaque étape de la mise en œuvre de l’accord de Fomboni donne lieu à des conflits sur la répartition des compétences entre l’Union et les îles (portant sur le contrôle des douanes, des sociétés publiques génératrices de recettes, des forces de sécurité). L’accord de Moroni conclu le 20 décembre 2003 sous l’égide de l’Afrique du Sud, précise les conditions d’application du « processus de Fomboni ». Les élections législatives au niveau des îles et de l’Union ont lieu dans de bonnes conditions en mars et avril 2004. Les opposants au président Azali, favorables à une plus grande autonomie des îles, remportent ces élections et détiennent la majorité à l’Assemblée de l’Union, qui est installée en juin 2004.

Le président Azali s’efforce néanmoins de contrebalancer l’influence des îles autonomes, qui souhaitent faire adopter des lois organiques allant vers une plus grande décentralisation de l’État comorien et refuse même de promulguer certaines lois, telle que la loi organique sur les Forces de sécurité intérieure, adoptée en mai 2005. Celle-ci prévoit la création de forces de police dotées de compétences similaires à celles de la gendarmerie et placées sous l’autorité des présidents des îles autonomes^[3].

Le pays organise, conformément à la constitution, des élections en 2006, la présidence devant revenir, comme la constitution l'exige, à un Anjouanais. Cependant, Azali prétendant ne pas contrôler suffisamment Anjouan, fait appel à la communauté internationale pour organiser les élections dans des conditions acceptables. Malgré des irrégularités identifiées au premier tour, ces élections sont gagnées par Ahmed Abdallah Sambi (élu avec 58% des voix^[4]), un religieux sunnite surnommé l'"Ayatollah". Sambi rencontre les mêmes difficultés que Azali^[5] dans la gestion de l'Union.

En 2007, chaque île doit élire à nouveau son président. Quelques semaines avant ces élections, le président d'Anjouan, Mohamed Bakar, est invalidé par le président de l'Union des Comores, arguant du fait que la date de validité de son mandat est dépassée.

Mohamed Bakar entre en sécession, et plusieurs épisodes d'intimidation réciproque aboutissent à un affrontement entre les gendarmes d'Anjouan et les forces militaires de l'Union des Comores. Les élections ont lieu en juin 2007 dans les trois îles, sans que les observateurs internationaux (notamment l'UA) puissent contrôler leur validité à Anjouan. Mohamed Bakar se déclare réélu mais cette élection est contestée par le gouvernement de l'Union. Les tensions entre Grande Comores et Anjouan persistent.

En janvier 2008, L'OUA investit les Comores. Le Colonel Bacar fuit vers Mayotte. Il est transféré par les autorité française à la Réunion où il demande l'asile politique. Le gouvernement de l'Union réclame Bacar pour le juger, et pour faire pression annonce le mercredi 2 avril que dorénavant les Comores interdirait tout rapatriement de leurs ressortissants entrés clandestinement sur l'île de Mayotte, ce qui met sous pression les autorités mahoraises, ou la maîtrise de l'immigration illégale est devenue un enjeu politique